消費税申告書の書き方とは？第一表・第二表の記入と計算の流れを実務で解説

決算が終わると、法人税と並んで消費税の申告書を作る時期がやってきます。「付表の数字はどこから取るのか」と迷う方も多いのではないでしょうか。

この記事では、上場企業の経理として会計システムにも関わってきた私の目線で、法人の消費税確定申告書の作り方を整理します。特に、計算の流れ、第一表・第二表の主な欄、会計システムの数字との突合が中心です。

消費税申告書とは？一般用・簡易課税用と付表の全体像

申告書は第一表・第二表と付表のセット

法人の消費税の確定申告書は、第一表（税額の計算）と第二表（課税標準額等の内訳書）に、計算過程を示す付表を添付して提出します。国税と地方消費税は同じ申告書で申告します。

計算方法	使う申告書	主な付表（標準税率・軽減税率のみの場合）
一般課税（原則課税）	一般用の第一表・第二表	付表1-3（税率別消費税額計算表）、付表2-3（課税売上割合・控除対象仕入税額等の計算表）
簡易課税	簡易課税用の第一表・第二表	付表4-3（税率別消費税額計算表）、付表5-3（控除対象仕入税額等の計算表）
2割特例	一般用または簡易課税用	付表6（税率別消費税額計算表）

旧税率（3％・4％・6.3％）の取引がある場合は付表1-1・1-2などを使います。上場企業の多くは一般課税で、付表1-3と2-3を作ります。

申告期限は2か月、延長特例で1か月延長

確定申告書の提出と納付の期限は、課税期間（事業年度）の終了の日の翌日から2か月以内です。法人税の申告期限の延長の特例を受けている法人が「消費税申告期限延長届出書」を提出すると、消費税の確定申告の期限も1か月延長されます。ただし、延長した期間は利子税がかかります。

中間申告は、直前の課税期間の確定消費税額（地方消費税を含まない年税額）で回数が決まります。

直前の確定消費税額	中間申告の回数	1回あたりの中間納付税額
48万円以下	原則不要（任意の中間申告あり）	−
48万円超400万円以下	年1回	確定消費税額の6/12
400万円超4,800万円以下	年3回	確定消費税額の3/12
4,800万円超	年11回	確定消費税額の1/12

中間納付税額とあわせて、その22/78の地方消費税も納付します。仮決算で計算した税額で中間申告することもできます。

消費税の計算の流れ｜課税標準額から納付税額まで

課税標準額と消費税額は税率ごとに計算する

一般課税の納付税額は売上げの消費税額−控除対象仕入税額です。売上げは税率ごとの税込金額に100/110（軽減は100/108）を掛けて課税標準額を出し、千円未満を切り捨てます。

申告書で使う税率は国税分の標準税率7.8％、軽減税率6.24％で、地方消費税は差引税額の22/78で計算します。

割戻し計算と積上げ計算

区分	割戻し計算（原則）	積上げ計算（特例）
売上税額	課税標準額×7.8％（6.24％）	交付したインボイスの写しの消費税額等の合計×78/100
仕入税額	税率ごとの税込合計×7.8/110（6.24/108）	受け取ったインボイスの消費税額等の合計×78/100（帳簿積上げも可）
組み合わせの制限	仕入税額の割戻し計算は、売上税額も割戻し計算の場合のみ	売上税額が積上げなら、仕入税額も積上げ

売上税額は、取引先ごとに割戻し計算と積上げ計算を併用することもできます。会計システムの設定と申告の計算方法がずれていないかを確認しておきましょう。

仕入税額控除の方式と簡易課税・2割特例

仕入税額の控除方法は、課税売上高5億円以下、かつ、課税売上割合95％以上なら全額控除です。どちらかを満たさない場合は、個別対応方式か一括比例配分方式で計算します。

方式	計算のしかた	ポイント
全額控除	課税仕入れ等の税額をすべて控除	課税売上高5億円以下、かつ、課税売上割合95％以上
個別対応方式	課税売上げ用＋共通用×課税売上割合	仕入れを課税用・非課税用・共通用に区分することが条件
一括比例配分方式	課税仕入れ等の税額×課税売上割合	選択すると2年間以上継続して適用

簡易課税は、基準期間の課税売上高5,000万円以下の場合に選べ、売上税額にみなし仕入率（90％〜40％）を掛けて仕入税額とします。2割特例は、インボイス登録を機に免税事業者から課税事業者になった事業者向けで、令和8年9月30日の属する課税期間まで（3月決算法人は令和9年3月期まで）です。

第一表・第二表の書き方｜主な欄と転記元

作成の順番は付表→第二表→第一表

国税庁の「申告書（一般用）の書き方（法人用）」では、付表2-3と付表1-3で計算し、第二表、第一表の順に転記する流れです。主な欄は次のとおりです。

第二表の欄	何を書くか	転記元
①課税標準額	税率ごとの課税標準額の合計	付表1-3の①C欄
⑤⑥⑦課税資産の譲渡等の対価の額	6.24％・7.8％適用分と合計	付表1-3の①-1欄
⑪消費税額	税率ごとの消費税額の合計	付表1-3の②C欄
⑳㉓地方消費税の課税標準となる消費税額	地方消費税の計算のもとになる税額	付表1-3の⑪C欄（還付の場合は⑩C欄）

欄番号は現行様式（令和5年10月1日以後終了課税期間分）のものです。様式は改正で変わるため、作成時は最新の様式で確かめてください。

第一表の欄	何を書くか	転記元・計算
②消費税額	課税標準額に対する消費税額	第二表の⑪欄
④控除対象仕入税額	控除できる仕入税額	付表1-3の④C欄
⑨差引税額	②＋③−⑦（百円未満切捨て）	付表1-3の⑨C欄
⑩中間納付税額	中間申告で納付すべき税額の合計	中間申告書の控え
⑮⑯課税売上割合の欄	課税資産の譲渡等の対価の額、資産の譲渡等の対価の額	付表2-3の④欄・⑦欄
⑳納税額・㉒納付譲渡割額	地方消費税額と、中間納付譲渡割額を引いた額	付表1-3の⑬欄、計算
㉖合計税額	国税と地方消費税の合計（納付または還付）	（⑪＋㉒）−（⑧＋⑫＋⑲＋㉓）

第一表右側の付記事項・参考事項では、売上税額の積上げ計算の適用の有無と、控除税額の計算方法を選び、基準期間の課税売上高も記載します。控除不足還付税額がある場合は、還付申告に関する明細書の添付が必要です。

数値例で確認｜納付税額の計算と決算仕訳

前提条件（仮の数値）

3月決算法人、税抜経理、売上げ・仕入れとも割戻し計算、仕入れはすべてインボイスありとします。課税売上（税込）は標準税率331,234,500円・軽減税率108,765,400円、課税仕入（税込）は標準税率220,345,600円・軽減税率75,432,100円です。非課税売上（受取利息）は500,000円、前期の確定消費税額は8,400,000円とします。

計算項目	計算式	金額（円）
課税標準額（標準）	331,234,500×100/110→千円未満切捨て	301,122,000
課税標準額（軽減）	108,765,400×100/108→千円未満切捨て	100,708,000
消費税額	301,122,000×7.8％＋100,708,000×6.24％	29,771,695
控除対象仕入税額	220,345,600×7.8/110＋75,432,100×6.24/108	19,982,805
差引税額	29,771,695−19,982,805→百円未満切捨て	9,788,800
中間納付税額	8,400,000×3/12×3回	6,300,000
納付税額（国税）	9,788,800−6,300,000	3,488,800
譲渡割額（地方消費税）	9,788,800×22/78→百円未満切捨て	2,760,900
納付譲渡割額	2,760,900−中間納付譲渡割額1,776,900	984,000
合計納付税額	3,488,800＋984,000	4,472,800

課税売上高は税抜で約4.02億円、課税売上割合は約99.9％なので全額控除です。中間申告は年3回で、1回あたり国税2,100,000円、地方消費税592,300円を納付済みとしています。

決算仕訳と差額の処理

税抜経理では、仮受消費税等と仮払消費税等を相殺し、納付額を未払消費税等に計上します。中間納付額は仮払金で処理していたとします。

借方	金額	貸方	金額
仮受消費税等	38,168,923	仮払消費税等	25,618,981
		仮払金（中間納付分）	8,076,900
		未払消費税等	4,472,800
		雑収入	242

帳簿の仮受・仮払は取引ごとの端数処理で積み上がるため、申告書の税額とは一致しません。差額が貸方なら雑収入、借方なら雑損失です。差額が大きいときは税区分の誤りを疑いましょう。

会計システムの税区分チェックとよくあるミス

税区分の集計表と総勘定元帳を突合する

申告書の数字は、会計システムの消費税集計表（税区分別の集計）から作るのが一般的です。税区分一覧表で勘定科目ごとの初期設定を確認し、集計表の金額が総勘定元帳や試算表と合っているかを突合します。

よくあるミスと対策

よくあるミス	起きること	対策
税区分の誤り（標準と軽減の混同など）	税率ごとの税額がずれる	税区分一覧を毎月確認
非課税と不課税の混同	非課税は課税売上割合の分母に入り、不課税は入らない	受取利息などの区分を確認
輸入消費税の処理	税関に納めた消費税額を税込金額として再計算してしまう	輸入消費税専用の税区分を使い、国税分を集計
インボイスのない仕入れ	経過措置の控除割合や対象外の仕入れを誤る	登録番号を管理し、経過措置用の税区分を分ける
中間納付額の入力漏れ	納付税額が過大になる	中間申告書の控えと照合

インボイス発行事業者以外からの仕入れの経過措置は、令和8年9月30日までの仕入れは80％、令和8年10月1日から令和10年9月30日までは70％控除できます。その後50％、30％と縮小し、令和13年10月以降は控除できません。

控除割合は仕入れを行った日で決まるため、3月決算法人の令和9年3月期は80％と70％の仕入れが同じ期に混在します。税区分を分けておきましょう。また、令和8年10月1日以後に開始する課税期間からは、一の免税事業者等からの対象仕入れが年1億円（税込）を超える部分に経過措置を使えません。

令和8年9月15日閣議決定の大綱で、令和9年4月から2年間、飲食料品の税率を1％に引き下げる改正案が示されています（法案成立が前提）。申告書様式の改訂ドラフトも公表されているので、税区分の追加を含めて今後の情報に注意してください。

消費税申告書作成の流れ5ステップとe-Taxでの提出

決算から提出までの5ステップ

資本金1億円超の法人はe-Taxが義務

事業年度開始の時の資本金の額または出資金の額が1億円を超える法人などは、消費税等の確定申告書を付表も含めてe-Taxで提出する義務があります。

法人税の申告書と並行して進め、期限の1〜2週間前にレビューを終えるのが理想です。

まとめ

• 消費税申告書は第一表・第二表と付表のセットで、一般課税は付表1-3・2-3を使う
• 期限は課税期間終了後2か月以内で、延長特例を受ければ1か月延長できる
• 課税標準額は千円未満、差引税額は百円未満を切り捨て、地方消費税は22/78で計算する
• 付表→第二表→第一表の順に作り、中間納付税額を忘れない
• 税区分のチェックと経過措置（80％・70％）の区分が正確な申告の土台

まずは消費税集計表と総勘定元帳の突合から始めてみてください。