免税事業者との取引で課税事業者が損しない対策｜2026年10月の経過措置

インボイス制度が2023年10月に始まってから、免税事業者との取引をどう扱うかは多くの会社の経理で悩みの種になっています。免税事業者からの仕入れは、原則として仕入税額控除ができません。経過措置があるとはいえ、その割合は段階的に縮小していきます。

しかも、令和8年度税制改正で経過措置のスケジュールが見直され、2026年10月1日からは「8割控除」が「7割控除」に切り替わります。「3年後に5割になる」と覚えていた方は、知識の更新が必要です。

この記事では、2026年9月時点の国税庁の公表資料をもとに、課税事業者が免税事業者との取引で損をしないための考え方と、実務で注意したいポイントを買い手側の目線で整理します。

免税事業者との取引で課税事業者が損をする仕組み

仕入税額控除ができない分だけ納税額が増える

消費税の納税額は、ざっくり言えば「売上げで預かった消費税」から「仕入れで支払った消費税」を差し引いて計算します。この差し引きが仕入税額控除です。

インボイス制度のもとでは、仕入税額控除を受けるために適格請求書（インボイス）の保存が必要です。インボイスを発行できるのは登録を受けた適格請求書発行事業者だけなので、免税事業者から仕入れた場合は、本来は仕入税額控除ができません。つまり、支払った代金の中に含まれている消費税相当額を差し引けず、買い手側の納税額がその分増えることになります。

具体例で見る負担額の変化

たとえば、免税事業者である外注先に年間110万円（税込）を支払っているケースで考えてみます。わかりやすくするため、仕入税額相当額を10万円（110万円×10/110）として計算します。

課税仕入れの時期	控除できる割合	控除できる額	控除できない額
2023年10月1日～2026年9月30日	80％	8万円	2万円
2026年10月1日～2028年9月30日	70％	7万円	3万円
2028年10月1日～2030年9月30日	50％	5万円	5万円
2030年10月1日～2031年9月30日	30％	3万円	7万円
2031年10月1日以降	0％	0円	10万円

「控除できない額」が、取引条件を変えなかった場合に買い手が追加で負担する消費税です。今は数万円でも、取引先の数や金額が大きい会社ほど影響は膨らみます。

インボイス制度の最新情報や手続きは、国税庁「インボイス制度特設サイト」で確認できます。

2026年10月から変わる経過措置のポイント

8割控除は終了し、7割・5割・3割の段階に

改正前は「2026年9月まで80％、その後3年間50％、2029年10月以降は0％」というスケジュールでした。令和8年度税制改正で経過措置の期限が2年延長され、上の表のとおり80％の後は70％→50％→30％と段階的に縮小し、2031年9月30日で終了することになりました。

出典：国税庁「令和８年度税制改正特集（インボイス関連）」。本記事の内容は2026年9月時点の情報です。

割合は「課税仕入れを行った日」で判定する

どの割合を使うかは、支払日や請求書の日付ではなく、課税仕入れを行った時期で判断します。国税庁のQ&Aでは、商品の仕入れは原則として引渡しの日、役務の提供は原則として役務の全部が完了した日とされています。

たとえば9月下旬から10月にまたがる外注作業が10月に完了した場合は、70％で計算することになります。月末締めの請求書でも、9月分と10月分で割合が変わる点に注意しましょう。

1つの取引先あたり年1億円の上限に引き下げ

経過措置には、一の免税事業者等からの課税仕入れの合計額が一定額を超えると、超えた部分には経過措置を適用できないという上限があります。この上限は2026年10月1日以後に開始する課税期間から、税込10億円から1億円に引き下げられました。

買い手側がすべきこと

簡易課税制度が有利かどうかを試算する

基準期間の課税売上高が5,000万円以下であれば、届出により簡易課税制度を選べます。簡易課税は売上げの消費税額に業種ごとのみなし仕入率を掛けて仕入税額を計算するため、仕入先が免税事業者かどうかで納税額が変わりません。

ただし、みなし仕入率が実際の仕入率より低い業種では、かえって納税額が増えることがあります。また、原則として適用を受けたい課税期間の初日の前日までに届出が必要で、2年間は継続適用となります。詳しくは国税庁タックスアンサー No.6505で確認し、顧問税理士と一緒に試算してから判断するのが安全です。

取引先に登録を検討してもらう

取引先が適格請求書発行事業者になれば、買い手は全額を仕入税額控除できます。免税事業者から登録した事業者には、納付税額を売上税額の2割にできる「2割特例」がありましたが、これは2026年9月30日の属する課税期間までで終了します（法人の場合、その課税期間が最後の適用となります）。個人事業者については、令和9年分と令和10年分に納付税額を売上税額の3割にできる「3割特例」が設けられました（法人は対象外）。

登録をお願いするときは、こうした負担軽減措置の情報もあわせて伝えると、取引先も判断しやすくなります。

関連記事：免税事業者と取引する会社がすべき対策とは？価格交渉の注意点も解説

少額特例で事務負担を減らす

基準期間の課税売上高が1億円以下（または特定期間の課税売上高が5,000万円以下）の事業者は、2029年9月30日までに行う税込1万円未満の課税仕入れについて、インボイスがなくても一定の帳簿の保存で仕入税額控除ができます（少額特例）。この特例は相手が免税事業者でも使えるため、少額の経費が多い会社には助けになります。

免税事業者と取引する上での注意点

一方的な値下げや取引停止は問題になり得る

仕入税額控除ができない分を価格に反映したい、と考えるのは自然なことです。ただし、公正取引委員会などが公表している「免税事業者及びその取引先のインボイス制度への対応に関するQ&A」では、次のような行為は独占禁止法や取適法（旧下請法）上、問題となるおそれがあるとされています。

• 十分な協議をせず、一方的に著しく低い価格を設定する
• 免税事業者であることを理由に、商品の受領拒否や返品をする
• 「登録しなければ取引を打ち切る」などと一方的に通告する
• 価格の据置きを協議なしで決める、協賛金などの負担を求める

一方で、双方が納得した上で価格を設定するのであれば、結果として価格が下がっても問題にはならないとされています。ポイントは「一方的でないこと」と「協議のプロセス」です。

交渉は手順を決めて記録を残す

実務担当者の視点：会計システムの設定もセットで見直す

実務でよく見かけるのが、会計システムの税区分の設定漏れです。取引先マスタに登録番号と「登録／未登録」の区分を持たせておき、経過措置用の税区分を2026年10月1日以後の仕入れから70％用に切り替えているか確認しましょう。

また、国税庁のQ&Aでは、登録事業者から受け取った請求書に登録番号の記載がない場合でも、区分記載請求書の記載事項を満たしていれば経過措置の対象になるとされています。裏を返すと、番号の記載漏れを放置すると、本来は全額控除できるものを7割しか控除できないことになります。記載漏れに気づいたら、インボイスの再発行を依頼するのが損をしないコツです。

まとめ

最後に、課税事業者が免税事業者との取引で損をしないためのポイントを振り返ります。

• 免税事業者からの仕入れは、経過措置の割合を超える部分が買い手の負担になる
• 2026年10月1日からは7割控除。その後5割・3割と縮小し、2031年9月30日で終了
• 経過措置の上限は一の取引先あたり年1億円に引き下げ（2026年10月1日以後に開始する課税期間から）
• 簡易課税の試算、登録の相談、少額特例の活用で負担を減らす
• 価格交渉は一方的にならないよう、協議の経緯を記録する

経過措置の縮小は「いつか」の話ではなく、2026年10月1日にいよいよ次の段階へ進みます。取引先ごとの影響額を把握したうえで、制度の変更点を共有しながら話し合うことが、自社と取引先の双方にとって損をしない一番の近道です。