電子インボイスの保存方法とは？電子帳簿保存法の電子取引要件を解説

取引先から届く請求書が、紙からPDFやクラウド経由のデータに切り替わってきた、という会社は多いのではないでしょうか。電子データで受け渡しするインボイス、いわゆる「電子インボイス」は、消費税法と電子帳簿保存法の両方のルールを意識して保存する必要があり、どう管理すればよいか迷いやすいテーマです。

特に2024年1月からは、電子取引でやりとりしたデータを電子のまま保存することが義務になりました。メールで受け取ったPDFを印刷してファイリングするだけ、という運用は見直しが必要です。

この記事では、2026年9月時点の制度をもとに、電子インボイスの提供方法、電子帳簿保存法による保存方法と要件、実務での保存フローまでわかりやすく解説します。

電子インボイスとは？提供方法を確認しよう

電子インボイスは電子データのインボイス

電子インボイスとは、インボイス（適格請求書）の記載事項を電子データで提供するものです。インボイス制度では、紙のインボイスを交付する代わりに、記載事項を記録した電子データを提供することが認められています。PDFでも、システム上のデータでも、記載事項がそろっていれば電子インボイスになります。

主な提供方法

• EDI取引（企業間のデータ交換）による提供
• 電子メールにPDFなどを添付して送る方法
• インターネット上のサイトやクラウドサービスを通じた提供
• 光ディスクなどの記録媒体による提供

相手の承諾は不要。ただし事前のすり合わせを

消費税法上、電子インボイスを提供するのに相手方の承諾は必要ありません。ただし、受け取る側にも保存の手間が発生するため、提供方法や送付先アドレスを事前に取引先と決めておくとトラブルを防げます。

デジタルインボイス（Peppol）という選択肢

PDFのように人が見るためのデータではなく、システム同士で直接やりとりできる標準化されたデータを「デジタルインボイス」と呼びます。日本ではデジタル庁が国際規格Peppolに基づく日本標準仕様「JP PINT」を管理しており、対応する会計・請求書システムも増えています。

電子帳簿保存法の要件や一問一答は、国税庁「電子帳簿保存法関係」のページで確認できます。

電子インボイスの保存は電子帳簿保存法の区分で考える

電子帳簿保存法では、保存の方法が3つの区分に分かれています。電子インボイスがどれに当たるかで、守るべき要件が変わります。

区分	対象	保存は義務か
電子帳簿等保存	自社がシステムで作成した帳簿・書類の控え	任意
スキャナ保存	紙で受け取った・渡した書類をスキャンしたもの	任意
電子取引データ保存	メールやクラウドなどでやりとりしたデータ	義務

受け取った電子インボイスは「電子取引」

メールやクラウドで受け取った電子インボイスは電子取引に当たるため、データのまま、要件を満たして保存する必要があります。法人税・所得税の保存義務がある事業者は、紙に印刷して保存するだけでは足りません。

送った電子インボイスの控えも電子取引データ

売り手側も、電子データで提供したインボイスの控えを保存する必要があります。自社システムで作成して電子で送った場合も、送付したデータを電子取引のルールに沿って保存しておくのが基本です。

消費税法上の取扱いと保存期間

消費税法上は、受け取った電子インボイスを一定の要件のもとで紙に出力して保存することも認められています。ただし、法人税などでは電子保存が必要なため、実務ではデータ保存に一本化するのが効率的です。保存期間は原則7年間です。

電子帳簿保存法の詳細は、国税庁の電子帳簿保存法特設ページで確認できます。

電子取引データの保存要件（2026年9月時点）

電子取引データを保存するときは、改ざんを防ぐ「真実性」と、すぐに見られる「可視性」の2つの要件を満たす必要があります。

真実性の要件（いずれか1つ）

• タイムスタンプが付いたデータを受け取る
• 受け取った後、速やかにタイムスタンプを付ける
• 訂正・削除の履歴が残る、または訂正・削除ができないシステムで授受・保存する
• 不当な訂正・削除を防ぐための事務処理規程を定めて運用する

中小企業では、事務処理規程を定めて運用する方法が導入しやすいといわれています。国税庁がひな形を公開しているので、自社に合わせて作成するとよいでしょう。

可視性の要件

保存したデータをディスプレイやプリンタで速やかに確認できるようにし、システムの概要書を備え付けます。また、取引年月日・取引金額・取引先で検索できるようにしておく必要があります。

検索要件が不要になる場合と猶予措置

実務での保存フローとシステム活用

要件を理解しても、日々の運用に落とし込めなければ意味がありません。電子インボイスを受け取ってから保存するまでの基本的な流れを整理します。

よくあるミス

• メールで届いたPDFを印刷して、データを削除してしまう
• 担当者ごとに保存場所やファイル名のルールがバラバラ
• クラウドからダウンロードせず、サービス上にしか残っていない

取引先に電子での送付をお願いするときのポイント

保存のルールを整えても、紙とPDFが混在していると処理の手間はなかなか減りません。取引先に電子での送付をお願いする場合は、送付先のアドレスやファイル形式を文書で案内し、切り替えの時期を明確にしておくとスムーズです。

お願いするときは、取引先にとっても郵送や印刷の手間が減ることをあわせて伝えると、協力を得やすくなります。一方で、取引先の事情で紙の請求書が続くこともあるため、紙で届いた場合の保存方法も決めておきましょう。

デジタルインボイスは令和7年度改正でもメリットが

令和7年度税制改正では、デジタルインボイスなど一定の電子取引データを、要件を満たすシステムで授受・保存し、あらかじめ届出書を出している場合、そのデータに関する隠蔽・仮装に対する重加算税の10%加重措置の対象から除外されることになりました。令和9年1月1日以後に法定申告期限が到来する国税から適用されます（財務省：令和7年度税制改正の大綱）。

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まとめ

今回は、電子インボイスの保存方法を2026年9月時点のルールで解説しました。

• 電子インボイスの提供に相手方の承諾は不要だが、事前のすり合わせが大切
• 電子で受け取った・送ったインボイスは電子取引データとして電子保存が必要
• 真実性と可視性の要件を満たし、取引年月日・金額・取引先で検索できるようにする
• 売上高5,000万円以下などの事業者は検索要件が緩和される
• 受け取り窓口の一本化とシステム連携で運用を仕組み化する

電子インボイスの保存は、ルールさえ押さえれば紙よりも探しやすく、保管スペースも不要になります。デジタルインボイスの普及も進んでいるので、この機会に自社の保存フローを見直してみてくださいね。