年末調整の過不足精算とは？還付・徴収の仕訳と納付・法定調書の実務

「年末調整の計算は終わったけれど、還付金の仕訳や1月の納付はどうする？」「法定調書と給与支払報告書の期限はいつ？」。年末調整は申告書を回収して終わりではなく、経理側の後工程が残ります。

上場企業の経理で会計システムにも関わる私の目線で、年末調整の過不足精算から納付・法定調書の提出までを実務向けに解説します。仕訳・納付期限・預り金の残高照合を中心に、令和8年分（2027年1月の手続き）の期限と変更点も整理しました。

年末調整後の経理処理の流れ｜5つのステップ

年末調整の申告書を回収し、控除額を確認したあとの流れは次の5ステップです。

作業	主な担当	使うもの
年税額の計算・過不足精算	給与担当	給与システム・源泉徴収簿
仕訳・残高照合	経理担当	給与仕訳データ・試算表
納付	経理担当	所得税徴収高計算書・e-Tax
法定調書・給与支払報告書	給与担当（経理が金額を確認）	e-Tax・eLTAX

申告書の配付・回収や書類のチェックなど、準備段階の流れは次の記事で解説しています。

年末調整の年税額の計算の流れと源泉徴収簿

年末調整では、1年間の給与の総額から年調年税額を計算し、毎月徴収した税額の合計と比べます。国税庁「令和8年分 年末調整のしかた」の手順を整理すると次のとおりです。

手順	計算の内容
1 給与と徴収税額の集計	1月〜12月の給与・賞与の総額と源泉徴収税額の合計を集計
2 給与所得控除後の金額	令和8年分の「給与所得控除後の給与等の金額の表」に当てはめる（660万円以上は算式）
3 所得控除の合計	社会保険料・生命保険料・配偶者・扶養・基礎控除などを合計
4 課税給与所得金額	2－3で計算し、1,000円未満を切捨て
5 算出所得税額	「算出所得税額の速算表」で計算し、住宅ローン控除があれば差し引く
6 年調年税額	年調所得税額×102.1％（復興特別所得税を含む）。100円未満を切捨て

給与総額が660万円以上850万円未満なら、給与所得控除後の金額は「給与等の金額×90％－1,100,000円」です。仮の数値で2人分を計算し、源泉徴収簿の形にまとめました。

源泉徴収簿の項目	Aさん（還付）	Bさん（不足）
給与・賞与の総額	7,200,000円	6,800,000円
給与所得控除後の金額	5,380,000円	5,020,000円
所得控除の合計	2,160,000円	1,660,000円
（うち基礎控除）	670,000円	670,000円
課税給与所得金額	3,220,000円	3,360,000円
算出所得税額	224,500円	244,500円
年調年税額（102.1％）	229,200円	249,600円
源泉徴収税額の合計	268,400円	231,000円
差引超過額または不足額	超過額 39,200円	不足額 18,600円

Aさんの所得控除は社会保険料1,050,000円、生命保険料40,000円、地震保険料20,000円、配偶者控除380,000円、基礎控除670,000円です。Bさんは年の途中で子が就職して扶養から外れたため、社会保険料990,000円と基礎控除だけになり、不足額が出ました。

控除の種類ごとの改正内容は、次の記事でまとめています。

年末調整の過不足精算｜還付と徴収のルール

年調年税額より徴収税額の合計が多ければ過納額（超過額）を還付し、少なければ不足額を徴収します。精算方法には、12月の給与の税額計算を省略する方法と、通常どおり計算したうえで精算する方法があります。

項目	還付（過納額）	徴収（不足額）
精算のタイミング	年末調整をした月の給与・賞与	年末調整をした月の給与・賞与
原資・徴収元	その月に納付する源泉徴収税額から差し引く	その月の給与から差し引く
精算しきれないとき	翌月以降に納付する源泉徴収税額から順次還付	その後に支払う給与から順次徴収
特例	税務署から還付（還付請求書を提出）	徴収繰延べ（翌年1月と2月）
納付書の記入欄	年末調整による超過税額	年末調整による不足税額

還付の原資は、会社がその月に納付する源泉徴収税額（全員分）です。会社が立て替えて還付し、その分を納付額から差し引くイメージです。

年末調整の仕訳｜還付・徴収・翌年1月の納付

年末調整の還付・徴収は、預り金（源泉所得税）の増減として処理します。費用科目は使いません。Aさん・Bさんの精算部分だけを取り出すと次のとおりです。

タイミング	借方	貸方
12月給与：Aさんへの還付	預り金（源泉所得税） 39,200	普通預金 39,200
12月給与：Bさんからの徴収	給料手当 18,600	預り金（源泉所得税） 18,600
翌年1月：会社全体の納付	預り金（源泉所得税） 985,000	普通預金 985,000

実際は給与仕訳の中で処理され、還付額は手取りに上乗せ、不足額は手取りから差し引かれて支給されます。会社全体の12月支給分は、所得税徴収高計算書で次のように集計します（仮の数値）。

所得税徴収高計算書の項目	金額
12月支給分の給与・賞与の税額	1,250,000円
年末調整による不足税額	45,000円
年末調整による超過税額	310,000円
本税（納付額）	985,000円

本税は「税額＋不足税額－超過税額」です。12月末の預り金（源泉所得税）の残高も同じ985,000円になっていれば、精算は正しく帳簿に反映されています。

預り金の基本的な仕訳と、残高が合わないときの原因は次の記事で詳しく解説しています。

源泉所得税の納付と法定調書・給与支払報告書の提出期限

令和8年分の年末調整にかかる主な期限は次のとおりです。法定調書と給与支払報告書の期限は、1月31日が日曜日のため2027年2月1日（月）です。

手続き	提出・納付先	期限（2027年）
12月支給分の源泉所得税の納付（原則）	税務署（金融機関・e-Tax）	1月12日（火）※1月10日が日曜、11日が成人の日
7月〜12月支給分の納付（納期の特例）	税務署（金融機関・e-Tax）	1月20日（水）
源泉徴収票の交付	従業員	2月1日（月）
法定調書合計表・支払調書	税務署	2月1日（月）
給与支払報告書	1月1日現在の住所地の市区町村	2月1日（月）
再年末調整	社内（給与計算）	1月末日まで

納期の特例は、給与の支給人員が常時10人未満の源泉徴収義務者が承認を受けて使える制度で、7月から12月までの分は翌年1月20日が納付期限です。年末調整で精算した額は、精算した月分の所得税徴収高計算書に記入し、納付税額が0円になっても計算書は提出します。

令和8年分から大きく変わるのが、源泉徴収票のみなし提出の特例です。2027年1月1日以後は、給与支払報告書を市区町村に提出すれば、税務署へ給与所得の源泉徴収票を提出したものとみなされます。

預り金の残高照合・システム連携と再年末調整

納付と提出が終わったら、最後に給与システム・会計・納付の金額が一致しているかを確認します。

照合する項目	一致すべき金額
預り金（源泉所得税）の12月末残高	所得税徴収高計算書の本税
翌年1月の納付後の残高	0円（1月支給分の新たな預り分を除く）
給与システムの年調超過額・不足額	計算書の超過税額・不足税額
源泉徴収簿の支払金額・源泉徴収税額	法定調書合計表・給与支払報告書の総括表
会計の給料手当・賞与の年間合計	給与システムの支給総額（未払給与の扱いに注意）

給与システムから会計システムへ仕訳を連携している場合は、年調精算分が別の仕訳行で連携されるかを事前に確認します。精算額が給与仕訳の手取りに埋もれると、預り金の差額の原因を追えなくなります。

年末調整のあとに扶養親族の異動や保険料の追加申告があった場合は、源泉徴収票を交付する翌年1月末日まで年末調整をやり直せます。1月に精算した額は1月分の計算書に記入するため、納期の特例を受けている会社では1月〜6月分（7月10日納付）に入ります。

よくあるミス	防ぎ方
令和7年分の表のまま計算した	システムの税制改正対応の適用日を確認する
超過税額を差し引かずに全額納付した	計算書の本税と預り金残高を突き合わせる
還付額を費用科目で処理した	精算は預り金で処理するルールを決める
中途入社の前職分を入れ忘れた	前職の源泉徴収票の回収状況を一覧で管理する
再年末調整の精算を1月の計算書に書き忘れた	再調整した人と金額を一覧に残す

数値例はすべて仮の数値です。内容は2026年10月時点の国税庁「令和8年分 年末調整のしかた」「令和8年分 給与所得の源泉徴収票等の法定調書の作成と提出の手引」、タックスアンサーNo.2505をもとにしています。最新の情報は国税庁ホームページで確認してください。

まとめ

• 年末調整後は、過不足精算・仕訳・納付・法定調書・残高照合の5ステップで進める
• 年調年税額は、給与所得控除後の金額から所得控除を引き、速算表と102.1％で計算する
• 還付・徴収は預り金（源泉所得税）で処理し、本税＝税額＋不足税額－超過税額で納付する
• 2027年は納付が原則1月12日・納期の特例1月20日、法定調書と給与支払報告書は2月1日が期限
• 源泉徴収票のみなし提出の特例とe-Tax等の30枚基準を確認し、預り金の残高ゼロを確かめる

まずは12月の給与で発生する超過税額・不足税額の合計を試算し、1月の納付額と預り金の残高を表にまとめてみてください。